В одном отдельном строении готовят субстрат и осуществляют засев мицелием субстратных блоков, в другом, лучше на расстоянии, субстрат инкубируют и из субстратных блоков выгоняют плодовые тела грибов. Перемещение субстрата из субстратного цеха в камеры культивации осуществляют через улицу. При невозможности выделить два отдельных помещения для производства грибов следует разделить площадь сплошной капитальной перегородкой на две части. Одну использовать для субстратного цеха, другую — для камер культивации. Между этими площадями не должно быть внутренней двери. Такое разделение предотвратит заражение субстрата наиболее вредоносными плесенями (в основном из рода триходерма), которые могут развиться внутри грибоводческого комплекса, попадая через воздух или через одежду людей из камер культивации в «чистую зону», где производят засев субстрата мицелием.

Споры слабоконкурентных плесеней (пеницилл и мукор) в изобилии содержащиеся в соломе и других компонентах субстрата не так опасны, но в большом количестве существенно замедляют рост мицелия.

При изготовлении субстратных блоков большого размера и при использовании питательных добавок особенно важна хорошая проницаемость для воздуха. В субстратном блоке не должно быть свободной воды, он должен быть равномерно влажным, но не мокрым. Особенно трудно избежать переувлажнения субстрата при гидротермической обработке. Лишняя вода должна стечь с субстрата. Иногда для этого требуется выдерживать субстрат на фазе стекания воды целые сутки или более. Мицелий надо покупать только у проверенных производителей Мицелий от новых поставщиков нужно сначала проверять на небольшой партии субстратных блоков. После получения мицелия проверьте с помощью термометра, не перегрелся ли он в пути. Температура в центре пакета не должна превышать 20°С. Не должно быть черных и зелёных пятен внутри пакета. Внутри пакета на разломе недопустимо наличие ярко-оранжевого порошистого мицелия. Не должно быть запаха гнили и аммиака. Допустимо лишь небольшое количество желтого эксудата вешенки и связанного с ним пожелтения мицелия. Хранить мицелий нужно при температуре от 0°С до +4°С (в холодильнике, но не в морозилке). При температурах выше +4°С срок хранения зернового мицелия сокращается. Во избежание перегрева мицелия, пакеты, пока они не охладились после транспортировки, нельзя складывать без воздушных промежутков между ними даже в холодильник. А при комнатных температурах мицелий должен находиться в виде отдельно лежащих пакетов. Срок его хранения при этом снижается до нескольких дней.

На фазе роста плодовых тел вешенка очень любит свежий влажный («осенний») воздух. Она легко переносит суточные колебания температуры, например, ночью +10°С, а днем +16°С, но средний за сутки оптимальный для плодоношения уровень температуры, влажности воздуха и концентрации СО2 должен сохраняться. Относительная влажность воздуха должна быть выше при высоких скоростях движения воздуха в камере. Обычный режим влажности воздуха в период плодоношения — в пределах 80–90%.